Boot sektor je "područje" na hard disku i floppy diskovima u kojem se nalaze uputstva koja se izvršavaju tokom boot procesa, odnosno prilikom startovanja PC-a. Između ostalog, boot sektor određuje lokaciju sistemskih fajova.
Na hard disku, boot sektor je prvi sektor na butabilnoj (bootable) particiji (particija koja sadrži sistemske fajlove). Svi floppy diskovi imaju boot sektor čak i ako se radi o data diskovima (diskovi koji služe za skladištenje podataka).